Как найти "лишние" файлы в системе:

Создаем список файлов из пакетов:

dpkg -l | grep -E '^.(i|c)' | awk '{print $2}' | xargs -n1 dpkg -L > files.dpkg

Создаем список всех файлов:

find / -xdev -type f > files.all

Выводим лишние:

grep -x -F -v -f files.dpkg files.all | less