Случился такой WARNING в логах, после тюннинга mysql.
Помогла правка лимитов, только в systemd mysql
# grep Limit /etc/systemd/system/mysql.service
LimitNOFILE=16364
меняем значение на
а затем
systemctl daemon-reload
systemctl restart mysql
Все варнинги и ошибки ушли.